Οι βιοεπιστήμονες στην Ελλάδα έχουν πλέον στη διάθεσή τους μια πρόσθετη επιλογή για την εξυπηρέτηση των υπολογιστικών τους αναγκών και τη φιλοξενία των ηλεκτρονικών υπηρεσιών που παρέχουν: το υπολογιστικό Νέφος “HYPATIA” (https://hypatia.athenarc.gr/) της ερευνητικής υποδομής ELIXIR-GR (https://elixir-greece.org/), στην οποία συμμετέχουν οι κυριότεροι ερευνητικοί οργανισμοί και πανεπιστήμια της Ελλάδας με σημαντική δραστηριότητα στις Βιοεπιστήμες. Το Νέφος ονομάστηκε έτσι προς τιμήν της Υπατίας, της φιλοσόφου και επιστήμονα που έζησε στην Αλεξάνδρεια της Αιγύπτου μεταξύ 370 και 415 μ.Χ.

Οι υπολογιστικοί πόροι του Νέφους “HYPATIA” βασίζονται σε μια ισχυρή συστάδα ετερογενών υπολογιστών συνολικά 1.500 πυρήνων που εξυπηρετούν μεγάλο αριθμό βάσεων δεδομένων και εργαλείων αναλύσεων. Η ετερογένεια αυτή αφορά στις διαφορετικές προδιαγραφές (π.χ. επεξεργαστική ισχύς, διαθέσιμη μνήμη) και τις ειδικές δυνατότητες (π.χ. υποστήριξη κάρτας γραφικών ή δίσκων τεχνολογίας SSD) που διαθέτουν οι κόμβοι της συστάδας, ώστε να υποστηρίζουν με τον βέλτιστο τρόπο τις ιδιαίτερες ανάγκες των υπολογιστικών πειραμάτων και υπηρεσιών που εξυπηρετούν. Ο εξοπλισμός και η αντίστοιχη πλατφόρμα διαχείρισης υπολογιστικών και αποθηκευτικών πόρων συντηρούνται και υποστηρίζονται από το Εθνικό Δίκτυο Υποδομών Τεχνολογίας και Έρευνας (ΕΔΥΤΕ Α.Ε. – GRNET), φορέα του Υπουργείου Ψηφιακής Διακυβέρνησης, και το Ερευνητικό Κέντρο “Αθηνά”, αντίστοιχα. Ο εξοπλισμός φιλοξενείται σε κέντρα δεδομένων της ΕΔΥΤΕ.

Στην “HYPATIA” φιλοξενούνται ήδη, μεταξύ άλλων, η Εθνική διαδικτυακή πύλη δεδομένων Covid-19 (https://covid19dataportal.gr/) και η πλατφόρμα για επεξεργασία δεδομένων GALAXY (https://elixir-greece.org/node/262) που προσφέρεται και για την ανάλυση μοριακών δεδομένων Covid-19.

Η προμήθεια και εγκατάσταση του αντίστοιχου εξοπλισμού, όπως επίσης και η ανάπτυξη της αντίστοιχης πλατφόρμας διαχείρισης χρηματοδοτήθηκε από την Πράξη «ELIXIR-GR: Η Ελληνική Ερευνητική Υποδομή για Διαχείριση και Ανάλυση Δεδομένων στις Βιοεπιστήμες (κωδικός ΟΠΣ: 50002780)» του Επιχειρησιακού Προγράμματος “Ανταγωνιστικότητα, Επιχειρηματικότητα & Καινοτομία (ΕΠΑνΕΚ)” (ΕΣΠΑ 2014-2020). Ο ελληνικός κόμβος ELIXIR-GR συντονίζεται από το Ερευνητικό Κέντρο Βιοϊατρικών Επιστημών «Αλέξανδρος Φλέμιγκ» και αριθμεί 16 Πανεπιστήμια και Ερευνητικά Κέντρα, και την ΕΔΥΤΕ.

Για την εξοικείωση των ερευνητών με την πλατφόρμα έχει προγραμματιστεί σειρά ανοικτών διαδικτυακών σεμιναρίων (webinars), το πρώτο από τα οποία θα πραγματοποιηθεί την Τετάρτη 15 Σεπτεμβρίου 2021 στις 17:00. Οι ενδιαφερόμενοι μπορούν να εγγραφούν στο σεμινάριο εδώ.

Θα θέλαμε να σας ενημερώσουμε ότι δημοσιεύθηκε η αναφορά προόδου των προγραμμάτων Ανοικτής Πρόσβασης του ΣΕΑΒ για το πρώτο τρίμηνο του 2021. Η συγκεκριμένη αναφορά έχει ενημερωτικό σκοπό, περισσότερο όσον αφορά την εξέλιξη των προγραμμάτων της πλήρους απαλλαγής. Θα εκδοθεί αργότερα εξαμηνιαία αναφορά η οποία θα περιλαμβάνει όλους τους εκδότες και τα προγράμματα συμμετοχής.

Τα δεδομένα έχουν ληφθεί από τους συνεργαζόμενους εκδότες και στη συνέχεια έχουν ελεγχθεί, κανονικοποιηθεί και εμπλουτισθεί από το προσωπικό της Μονάδας Επιστημονικής Επικοινώνησης. Οι δείκτες έχουν προκύψει σύμφωνα με διάφορες παραμέτρους, λαμβάνοντας πάντα υπόψη ότι ο κύριος συγγραφέας (correspondingauthor) ανήκει σε ίδρυμα-μέλος του ΣΕΑΒ.

Στην αναφορά περιλαμβάνονται οι 59 δημοσιεύσεις που καλύφθηκαν, από 5 εκδότες. Δεν υπάρχει συντριπτική διαφορά ως προς τους τρόπους στήριξης, με τις συμφωνίες της πλήρους απαλλαγής να έχουν καλύψει οριακά περισσότερες δημοσιεύσεις από ότι οι συμφωνίες της έκπτωσης. Η πιο συχνά χρησιμοποιούμενη άδεια creative-commonsείναι αυτή της αναφοράς (CC-BY), η οποία έχει αντιστοιχεί στο 70% των δημοσιεύσεων. Επίσης, περισσότερο από το 65% του συνόλου έχει δημοσιευθεί σε υβριδικά περιοδικά, ενώ σημαντικός είναι και ο αριθμός των δημοσιεύσεων των Θετικών και Τεχνολογικών Επιστημών (STEM), στην οποία εντάσσονται περισσότερες από το 85% των δημοσιεύσεων.

Αναπτύχθηκαν δύο υποστηρικτικά εργαλεία για τους ερευνητές που ενδιαφέρονται για τα προγράμματα Ανοικτής Πρόσβασης του ΣΕΑΒ κατά το παράδειγμα της υπηρεσίας Publisher Deals των ολλανδικών ακαδημαϊκών βιβλιοθηκών.

Το πρώτο είναι το “Ευρετήριο επιλέξιμων περιοδικών Ανοικτής Πρόσβασης” που επιτρέπει στους ερευνητές να εξετάζουν εάν ένα περιοδικό που τους ενδιαφέρει έχει κάποια κάλυψη από τον ΣΕΑΒ. Σε αυτό συμπεριλαμβάνονται περίπου 4.695 ηλεκτρονικά περιοδικά. Έχει ξεκινήσει η εργασία ανάρτησης στο ευρετήριο των εξωφύλλων των περιοδικών και θα ολοκληρωθεί τις προσεχείς εβδομάδες.

Το δεύτερο είναι ο “Οδηγός διαθέσιμων επιλογών Ανοικτής Πρόσβασης”, το οποίο δίνει περιληπτικά τους όρους Ανοικτής Πρόσβασης όλων των συνεργαζόμενων εκδοτών του ΣΕΑΒ, συμπεριλαμβανομένων όσων δεν έχουν ακόμη κάποιο πρόγραμμα.